Molekulární dynamika (MD) je počítačová simulační metoda, která popisuje pohyb atomů a molekul. Nejčastěji se trajektorie atomů a molekul určují numerickým řešením Newtonových pohybových rovnic pro systém interagujících částic, kdy síly mezi částicemi a jejich potenciální energie se často počítají pomocí meziatomových potenciálů nebo molekulárně mechanických silových polí. Metoda se používá především v chemii, fyzice, nauce o materiálech či biofyzice.
Cílem stáže, která je vhodná především pro studenty materiálových a fyzikálně-chemických oborů, je seznámit se s materiálovým výzkumem ve Skupině materiálů s řízenou mikrostrukturu a aplikovat metodu MD na některý ze zde studovaných materiálů. Vhodnými oblastmi, kdy by měla MD pomoci v pochopení studovaných jevů, je vliv poruch a teploty na mechanické vlastnosti nebo segregace na hranicích zrn.